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細胞工廠作為大規(guī)模細胞培養(yǎng)的常用容器，被廣泛應(yīng)用于疫苗、生物制藥、細胞及基因治療等領(lǐng)域。多層結(jié)構(gòu)的設(shè)計，也讓其擁有了兩種不同的培養(yǎng)方式：直接灌式培養(yǎng)和收獲式培養(yǎng)。

直接灌式培養(yǎng)：是指不借助其他管路系統(tǒng)，直接將培養(yǎng)基倒入細胞工廠進行培養(yǎng)的一種方式。倒入培養(yǎng)基后，將容器側(cè)放，靜置使培養(yǎng)基平均分配至每層；加液口朝上，平衡液面；緩慢將容器放至水平位置，加入培養(yǎng)箱中靜置培養(yǎng)。

收獲式培養(yǎng)：不同于直接灌式培養(yǎng)，它利用閉路管道形成一個密閉的系統(tǒng)，可以直接收獲細胞。首先更換空氣過濾器，增加通氣量；更換液體轉(zhuǎn)移管路套件；連接培養(yǎng)基與細胞工廠液體轉(zhuǎn)移管路；放置培養(yǎng)基于合適高度，使其在重力作用下流入容器內(nèi)，添加完成后靜置，使培養(yǎng)基平均分配至每層；加液口朝上，平衡液面；緩慢平放后靜置平衡每層培養(yǎng)基；更換蓋子后放入培養(yǎng)基培養(yǎng)。

這兩種培養(yǎng)方式細胞工廠常用的兩種，其中直接灌式培養(yǎng)多用于單個容器或數(shù)量較少時培養(yǎng)，收獲式培養(yǎng)則用于多個容器培養(yǎng)操作，它可以將多個工廠串聯(lián)起來形成密閉系統(tǒng)，降低污染風(fēng)險。